Thông tư 89/2026/TT-BTC: Một số điểm mới và nội dung doanh nghiệp cần lưu ý

Thông tư 89 có phạm vi điều chỉnh rộng, liên quan đến nhiều nội dung trong quản lý thuế như khai thuế, tính thuế, nộp thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế, kiểm tra thuế và trao đổi thông tin.

Đối với doanh nghiệp, một số nội dung đáng chú ý tập trung ở hệ thống hồ sơ và biểu mẫu, kỳ khai thuế GTGT, kỳ khai thuế TNCN từ tiền lương, tiền công và các quy định có thời hạn thực hiện đến hết năm 2026.

Bài viết dưới đây tập trung vào một số nội dung doanh nghiệp cần ưu tiên cập nhật, không nhằm tổng hợp toàn bộ quy định của Thông tư.

1. Hệ thống hướng dẫn và biểu mẫu quản lý thuế được cập nhật từ 01/7/2026

Cùng với việc có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, Thông tư 89 bãi bỏ một số Thông tư hướng dẫn quản lý thuế trước đây, trong đó có Thông tư 80/2021/TT-BTC, Thông tư 94/2025/TT-BTC và Thông tư 21/2026/TT-BTC.

Điều này có ý nghĩa thực tiễn đối với doanh nghiệp bởi đối với các kỳ tính thuế và thủ tục thuộc phạm vi áp dụng của Thông tư 89, bộ phận kế toán – thuế cần rà soát lại hồ sơ, biểu mẫu và quy trình kê khai đang sử dụng.

Tuy nhiên, việc chuyển đổi không chỉ căn cứ vào ngày thực tế nộp hồ sơ. Thông tư 89 có các quy định chuyển tiếp riêng đối với hồ sơ và thủ tục đã phát sinh trước thời điểm có hiệu lực.

2. Hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu cũ

Theo khoản 1 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC, đối với hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026, người nộp thuế tiếp tục thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư có hiệu lực.

Vì vậy, doanh nghiệp cần phân biệt rõ kỳ tính thuế với thời điểm nộp hồ sơ.

Ví dụ:

• hồ sơ khai thuế GTGT tháng 6/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước Thông tư 89;
• hồ sơ khai thuế GTGT quý II/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước ngày 01/7/2026;
• đối với các kỳ tính thuế từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp cần sử dụng mẫu biểu tương ứng theo Thông tư 89 và quy định áp dụng đối với từng loại hồ sơ.

Điểm cần đặc biệt lưu ý là:

Không nên hiểu rằng mọi hồ sơ nộp sau ngày 01/7/2026 đều phải sử dụng mẫu mới; việc xác định mẫu áp dụng trước hết cần căn cứ vào kỳ tính thuế và quy định chuyển tiếp đối với từng loại hồ sơ.

Thông tư 89 còn có các quy định chuyển tiếp riêng đối với một số hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế và các thủ tục đang được cơ quan thuế xử lý. Vì vậy, với các hồ sơ phát sinh qua thời điểm 01/7/2026, doanh nghiệp nên kiểm tra trực tiếp Điều 100 trước khi áp dụng mẫu biểu mới.

3. Thuế GTGT: cơ chế lựa chọn khai theo tháng hoặc theo quý

Theo Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, khai thuế GTGT về nguyên tắc được thực hiện theo tháng, trừ các trường hợp thuộc diện khai theo quý hoặc khai theo từng lần phát sinh. Người nộp thuế thuộc diện khai theo tháng nhưng có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống được lựa chọn khai thuế GTGT theo quý.

Đối với người nộp thuế đáp ứng tiêu chí khai theo quý, Thông tư quy định:

Người nộp thuế được lựa chọn khai theo tháng hoặc theo quý và thực hiện ổn định trọn năm dương lịch.

Trường hợp đang khai theo tháng, đủ điều kiện khai theo quý và lựa chọn chuyển sang khai theo quý, người nộp thuế phải gửi Mẫu số 01/ĐK-TĐKTT – Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất ngày 31/01 của năm bắt đầu khai theo quý.

Thông tư cũng quy định cơ chế xử lý trường hợp người nộp thuế hoặc cơ quan thuế xác định người nộp thuế không đủ điều kiện khai theo quý. Theo đó, người nộp thuế chuyển sang khai theo tháng từ tháng đầu của quý tiếp theo và xử lý lại hồ sơ các kỳ trước theo quy định, trừ một số trường hợp cụ thể được loại trừ.

Vì vậy, doanh nghiệp không nên tự động thay đổi kỳ khai chỉ dựa trên biến động doanh thu trong năm mà cần thực hiện đúng cơ chế lựa chọn và xử lý kỳ khai theo Điều 19.

4. Thuế TNCN từ tiền lương, tiền công: khai theo quý và quyết toán năm

Một nội dung đáng chú ý khác nằm tại Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công, tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai số thuế TNCN đã khấu trừ theo quý và thực hiện quyết toán thuế theo năm.

Đây là nội dung doanh nghiệp cần cập nhật vào lịch và quy trình kê khai TNCN từ thời điểm Thông tư có hiệu lực.

Một điểm thực tiễn cần lưu ý là:

Kỳ khai thuế TNCN từ tiền lương, tiền công không nên được suy ra từ kỳ khai thuế GTGT.

Việc xác định kỳ khai cần căn cứ trực tiếp vào Điều 22 và loại nghĩa vụ TNCN thực tế phát sinh. Thông tư 89 còn có các trường hợp TNCN khác với cơ chế khai riêng, vì vậy không nên suy rộng rằng mọi nghĩa vụ TNCN đều mặc nhiên khai theo quý.

Doanh nghiệp nên rà soát lại lịch kê khai, quy trình tính lương – khấu trừ thuế và trách nhiệm phối hợp giữa bộ phận kế toán và nhân sự để bảo đảm việc thực hiện thống nhất.

5. Một số quy định tại Điều 19 chỉ thực hiện đến hết ngày 31/12/2026

Theo khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC, một số quy định cụ thể tại Điều 19 chỉ thực hiện đến hết ngày 31/12/2026.

Các nội dung gồm:

Danh sách dẫn chiếu trên bám trực tiếp khoản 2 Điều 100.

Điểm cần hiểu chính xác là:

Đây là các quy định của chính Thông tư 89 được xác định thời hạn thực hiện đến hết ngày 31/12/2026; không nên diễn giải đơn giản là “quy định cũ tiếp tục được áp dụng đến hết năm 2026”.

Doanh nghiệp thuộc các trường hợp này cần đặc biệt lưu ý mốc 31/12/2026 và tiếp tục theo dõi cơ sở pháp lý áp dụng từ ngày 01/01/2027.

Riêng đối với hoạt động xây dựng và chuyển nhượng bất động sản, điểm c.4 khoản 1 Điều 19 có các tiêu chí cụ thể về loại hoạt động, giá trị công trình và địa bàn phát sinh. Ví dụ, quy định đề cập hoạt động xây dựng thuộc phạm vi quy định có giá trị công trình bao gồm thuế GTGT từ 01 tỷ đồng trở lên, cùng các trường hợp loại trừ cụ thể.

Do đó, doanh nghiệp thuộc nhóm này nên đối chiếu trực tiếp Điều 19 thay vì chỉ dựa trên tên hợp đồng hoặc địa điểm xuất hóa đơn.

6. Doanh nghiệp nên làm gì sau khi Thông tư 89 có hiệu lực?

Đối với doanh nghiệp đang thực hiện kê khai thuế định kỳ, các công việc nên ưu tiên gồm:

• Rà soát hồ sơ và mẫu biểu, phân biệt rõ hồ sơ có kỳ tính thuế trước và từ ngày 01/7/2026.
• Kiểm tra lại kỳ khai GTGT, đặc biệt đối với doanh nghiệp đủ điều kiện khai theo quý hoặc đang có nhu cầu chuyển từ khai tháng sang khai quý.
• Cập nhật quy trình khai TNCN từ tiền lương, tiền công theo quý và quyết toán năm.
• Rà soát các hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản, cơ sở sản xuất phụ thuộc, thủy điện, viễn thông và công trình sử dụng vốn ngân sách để xác định có thuộc các quy định tại Điều 19 chỉ thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 hay không.
• Kiểm tra việc cập nhật phần mềm kê khai thuế, phần mềm kế toán và hệ thống ERP để bảo đảm sử dụng đúng kỳ khai và mẫu biểu.
• Đối với các hồ sơ, nghĩa vụ hoặc thủ tục phát sinh qua thời điểm 01/7/2026, kiểm tra quy định chuyển tiếp tại Điều 100 trước khi thực hiện.

Đối với doanh nghiệp có nhiều đơn vị phụ thuộc hoặc hoạt động tại nhiều địa phương, việc rà soát nên được thực hiện trên toàn bộ hệ thống thay vì chỉ tại trụ sở chính.

Kết luận

Thông tư 89/2026/TT-BTC tạo ra những thay đổi đáng chú ý đối với quy trình quản lý và kê khai thuế của doanh nghiệp từ ngày 01/7/2026. Trong đó, doanh nghiệp nên ưu tiên cập nhật hồ sơ và biểu mẫu, kỳ khai GTGT, kỳ khai TNCN từ tiền lương – tiền công và các quy định có thời hạn thực hiện đến hết ngày 31/12/2026.

Không phải tất cả nội dung nêu trên đều là quy định hoàn toàn mới so với trước ngày 01/7/2026. Một số nội dung được duy trì trong khung hướng dẫn mới, trong khi một số nội dung thay đổi về kỳ khai, biểu mẫu hoặc cơ chế chuyển tiếp. Doanh nghiệp vì vậy cần tập trung vào những thay đổi thực sự ảnh hưởng đến quy trình tuân thủ của mình.

ICAW có thể hỗ trợ như thế nào?

Tùy thuộc vào mô hình hoạt động của doanh nghiệp, ICAW có thể hỗ trợ:

• rà soát ảnh hưởng của Thông tư 89/2026/TT-BTC đối với quy trình kê khai hiện tại;
• kiểm tra kỳ khai và biểu mẫu GTGT, TNCN và các nghĩa vụ thuế có liên quan;
• rà soát việc phân bổ và kê khai thuế đối với doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc hoạt động tại nhiều địa phương;
• hỗ trợ cập nhật quy trình kế toán – thuế và kiểm tra tính phù hợp của hồ sơ kê khai;
• tư vấn xử lý các trường hợp chuyển tiếp hoặc tình huống đặc thù theo hồ sơ thực tế.

Phạm vi áp dụng cụ thể cần được xác định trên cơ sở loại thuế, kỳ tính thuế, mô hình hoạt động và hồ sơ của từng doanh nghiệp.

ICAW – Integrity builds trust, excellence delivers value.

Lưu ý: Bài viết cung cấp thông tin chuyên môn chung về một số điểm mới và nội dung đáng chú ý của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Bài viết không nhằm tổng hợp toàn bộ quy định của Thông tư và không thay thế việc đánh giá hồ sơ, nghĩa vụ thuế và tình tiết thực tế của từng người nộp thuế.

Nguồn tham khảo và cơ sở pháp lý

• Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP; có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.
• Điều 19, Điều 22, Điều 99 và Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC, là các căn cứ chính được sử dụng trong bài viết.